リンネの分類と人間と植物

酵素は細胞内で産生されるが、産生後に細胞外に分泌されるものもあり、分泌型酵素と呼ばれる。消化酵素が代表例であり、細胞外に存在する物質を取り込みやすいように消化するために分泌される。その形状は可溶性酵素と同じく球形をしている場合が多い。生物に対して何らかの刺激（熱、pH、圧力などの変化）を与えると、その刺激に対してエキソサイトーシスと呼ばれる分泌形態で分泌型酵素を放出する現象が見られる場合がある。構造生物学の進歩において、最初に結晶化され立体構造が決定されていった酵素の多くは分泌型酵素であった。酵素を反応特異性と基質特異性の違いによって分類すると、系統的な分類が可能となる。このような系統的分類を表す記号として、EC番号がある。

また、動物や植物の多くでは和名はほぼ種との対応できる名称が与えられているが、たとえばカビや微小な藻類（クンショウモ・イカダモなど）の場合、和名の与えられているものは、ほぼ属の単位である。かつては代表的な生物には和名をつける方向で努力がなされていた。たとえば第二次世界大戦以前の図鑑を見れば、ゴリラに対してオオショウジョウ、チンパンジーはクロショウジョウ、熱帯魚のソードテールに対してツルギメダカ、アメーバをアメムシといったふうに、様々な和名が見られる。これらは、現在では使われることがまずない例である。同様に多くが普及することなく使われなくなってしまった。日本語の名前であっても標準和名は通俗名とは違うので、普通に使われる名前と違っている場合がある（レンゲの標準和名はゲンゲである）。そのため、マスコミ等で標準和名のことを学名と呼ぶことがあるが、間違いである。

2005年、国際原生動物学会から真核生物の新しい分類体系（Adl et al.）が提出された。 この分類は、それまでの界の枠組みを廃し、真核生物を6つのスーパーグループに分類するものである。ウィキペディアの各記事でも、これらを界相当の分類として採用している場合が多い。2008年現在では、Adl. et.al (2005) を踏襲しながら階層分類を盛り込むようなものも出てきている。例えば、上述のスーパーグループのうちの4つをまとめて、バイコンタとして単系統性を示すことができるようになった。下表は、近年に見られる分類の一例である。20世紀後半から勃興した、タンパク質のアミノ酸配列や核酸の塩基配列決定法の技術、そしてそのデータを用いて系統の類縁関係を推定する解析手法の進展に伴って、従来の生物系統分類法は大きな変革を迫られている。特に、これまで他のグループに所属させることができないために一括りに分類されていた、原生生物や藻類、一部の菌類につき系統が大幅に見直されつつある。学問上は二界説ないし五界説は既に瓦解したと言っても過言ではない。ここではキャヴァリエ＝スミス (Thomas Cavalier-Smith) らが中心となって提唱している分子系統学的分類の一例を示す（ただし現生生物のみ。真正細菌はグプタ、古細菌はレイクらの説も参考）。従来の界、門、綱との整合性は今後の課題である。この分野は現在さらに進展しつつあるため、今後も大小の変更があり得る。

多くの酵素は生体内で作り出されるタンパク質をもとにして構成されている。そのため、生体内での生成や分布の特性、あるいは熱やpHにより変性し活性を失う（失活）といった特性などは、他のタンパク質と同様である。生体を機関に例えるならば、核酸塩基配列が表すゲノムが設計図に相当するのに対して、生体内における酵素は組み立て工具に相当する。酵素の特徴である作用する物質（基質）をえり好みする性質（基質特異性）と目的の反応だけを進行させる性質（反応選択性）などによって、生命維持に必要なさまざまな化学変化を起こさせるのである。また、人類は古来より発酵という形で酵素を利用してきた。そして今日では、酵素の利用は食品製造だけにとどまらず、化学工業製品の製造や日用品の機能向上など広い分野に応用されている。医療においても、酵素量を検査して診断したり、酵素作用を調節する治療薬を用いるなど、酵素が深く関っている。

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